A primeira forma seria criar um arquivo chamado php.ini e enviar a pasta public_html de sua hospedagem, contendo as configurações que desejar.
Por exemplo, você pode criar um php.ini assim:
upload_max_filesize = 10M
safe_mode = on
Outra maneira é através do cPanel.
Acesse seu cPanel através de : seudominio.com/cpanel com os dados enviados no e-mail de boas vindas.
Procure por "Select PHP Version"
Selecione uma versão diferente da nativa ,mesmo que ela seja a mesma da nativa.
Agora configure seu PHP.ini somente com alguns cliques:
